Descrizione

Ri.MED ha creato una piattaforma d’avanguardia per le analisi proteomiche, che comprende strumentazioni per metodologie biochimiche e di biologia molecolare, cappe sterili per la coltura di cellule  e tessuti, e un sistema di cromatografia liquida ad alta prestazione (LCNano UltiMate 3000 RS) associato on-line ad uno spettrometro di massa (Q-exactive). In breve, questa strumentazione consente la separazione cromatografica dei singoli peptidi derivanti dalla digestione proteolitica di complessi sistemi proteici (ad esempio lisati cellulari, mezzi condizionati, tessuti o fluidi biologici), l’elettrospray per la ionizzazione di tali peptidi e la loro successiva frammentazione in ioni di diverso rapporto massa/carica, noto come spettro di massa, che é specifico per ciascun peptide. Gli spettri di massa vengono analizzati mediante software di proteomica, che permettono di risalire ad ogni singola proteina contenuta nel campione biologico di partenza. Inoltre, la tecnologia presente in Ri.MED consente analisi di proteomica quantitativa, mediante la quale è possibile non solo identificare le proteine presenti nel campione biologico, ma anche quantificare i livelli di espressione di una stessa proteina in diversi campioni biologici. L’obiettivo della nostra piattaforma é fornire analisi di proteomica quantitativa a supporto della ricerca scientifica non solo di Ri.MED, ma anche di gruppi di ricerca nazionali e internazionali. Cosí facendo, miriamo a diventare un punto di riferimento per l’intera ricerca scientifica nell’area.

Competenze

• Concentrazione di proteine da terreni condizionati;
• Misura spettrofotometrica (Bradford, BCA, micro BCA);
• Precipitazione e analisi chimica del campione;
• Digestione triptica in gel ed in soluzione;
• Preparazione di peptidi con metodo FASP;
• STAGE (STop And Go Extraction) Tip;
• Sample CleanUp;
• Frazionamento in base al pH;
• Secretome protein enrichment with click sugars (SPECS);
• Proteomica quantitativa LFQ;
• Western Blot;
• SDS-PAGE;
• Analisi qualitativa e quantitativa di proteine mediante cromatografia liquida/spettrometria di massa per proteomica “Bottom Up” e “Shot-gun”.

Dotazione tecnologica

Software

• Schrodinger suite for small molecule drug discovery;
• LigandScout expert suite;
• Autodock and Autodock Vina;
• Desmond (OPLS2005 and OPLS3e);
• AMBER;
• NAMD;
• VMD;
• Gromacs;
• RDKit;
• KNIME.

Hardware

• 6 Workstations;
  
• Server in HPC mode: 200 CPUs e 2 x NVIDIA Tesla K80.

Capacità di calcolo:

• Library optimisation → ~ 6,000 molecole/min
  
• Virtual Screening HTVS → ~ 5,000 molecole /min
  
• Virtual Screening SP → ~ 1,500 molecole /min
  
• Molecular Dynamics → ~ 200 ns/giorno/scheda (su un sistema medio di 40,000 atomi)
  

Piattaforma integrata in silico

Il gruppo sta realizzando una piattaforma integrata per lo studio dei network molecolari in collaborazione con il gruppo di bioinformatica.