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Piattaforma di Proteomica

Descrizione

Ri.MED ha creato una piattaforma d’avanguardia per le analisi proteomiche, che comprende strumentazioni per metodologie biochimiche e di biologia molecolare, cappe sterili per la coltura di cellule  e tessuti, e un sistema di cromatografia liquida ad alta prestazione (LCNano UltiMate 3000 RS) associato on-line ad uno spettrometro di massa (Q-exactive). In breve, questa strumentazione consente la separazione cromatografica dei singoli peptidi derivanti dalla digestione proteolitica di complessi sistemi proteici (ad esempio lisati cellulari, mezzi condizionati, tessuti o fluidi biologici), l’elettrospray per la ionizzazione di tali peptidi e la loro successiva frammentazione in ioni di diverso rapporto massa/carica, noto come spettro di massa, che é specifico per ciascun peptide. Gli spettri di massa vengono analizzati mediante software di proteomica, che permettono di risalire ad ogni singola proteina contenuta nel campione biologico di partenza. Inoltre, la tecnologia presente in Ri.MED consente analisi di proteomica quantitativa, mediante la quale è possibile non solo identificare le proteine presenti nel campione biologico, ma anche quantificare i livelli di espressione di una stessa proteina in diversi campioni biologici. L’obiettivo della nostra piattaforma é fornire analisi di proteomica quantitativa a supporto della ricerca scientifica non solo di Ri.MED, ma anche di gruppi di ricerca nazionali e internazionali. Cosí facendo, miriamo a diventare un punto di riferimento per l’intera ricerca scientifica nell’area.

Competenze

  • Concentrazione di proteine da terreni condizionati;
  • Misura spettrofotometrica (Bradford, BCA, micro BCA);
  • Precipitazione e analisi chimica del campione;
  • Digestione triptica in gel ed in soluzione;
  • Preparazione di peptidi con metodo FASP;
  • STAGE (STop And Go Extraction) Tip;
  • Sample CleanUp;
  • Frazionamento in base al pH;
  • Secretome protein enrichment with click sugars (SPECS);
  • Proteomica quantitativa LFQ;
  • Western Blot;
  • SDS-PAGE;
  • Analisi qualitativa e quantitativa di proteine mediante cromatografia liquida/spettrometria di massa per proteomica “Bottom Up” e “Shot-gun”.

Dotazione tecnologica

Software

  • Schrodinger suite for small molecule drug discovery;
  • LigandScout expert suite;
  • Autodock and Autodock Vina;
  • Desmond (OPLS2005 and OPLS3e);
  • AMBER;
  • NAMD;
  • VMD;
  • Gromacs;
  • RDKit;
  • KNIME.

Hardware

  • 6 Workstations;
  • Server in HPC mode: 200 CPUs e 2 x NVIDIA Tesla K80.

Capacità di calcolo:

  • Library optimisation ~ 6,000 molecole/min
  • Virtual Screening HTVS ~ 5,000 molecole /min
  • Virtual Screening SP ~ 1,500 molecole /min
  • Molecular Dynamics ~ 200 ns/giorno/scheda (su un sistema medio di 40,000 atomi)

Piattaforma integrata in silico

Il gruppo sta realizzando una piattaforma integrata per lo studio dei network molecolari in collaborazione con il gruppo di bioinformatica.

Contatti:

sdscilabra@fondazionerimed.com

Collaborazioni:

  • Institute for Aging and Chronic diseases, University of Liverpool, Regno Unito
  • German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE), Monaco, Germania
  • Queen Mary University of London, Regno Unito
  • Dipartimento di Scienze Farmacologiche, Università di Pisa, Italia
  • STEBICEF, Università di Palermo, Italia

Hardware

Pubblicazioni

Journal Paper
iRhom2 regulates ectodomain shedding and surface expression of the major histocompatibility complex (MHC) class I
Matteo Calligaris , Donatella Pia Spanò , Simone Bonelli , Stephan A Muller , Claudia Carcione , Danilo D'Apolito, PhD , Giandomenico Amico, PhD , Monica Miele, PhD , Mariangela Di Bella , Giovanni Zito , Elisa Nuti , Armando Rossello , Carl P Blobel , Stefan F Lichtenthaler , Simone Dario Scilabra, PhD
Cell. Mol. Life Sci. 81, 163 (2024)
https://link.springer.com/article/10.1007/s00018-024-05201-7
Journal Paper
A top-down approach to uncover the hidden ligandome of low-density lipoprotein receptor-related protein 1 in cartilage.
Yamamoto K, Scavenius C, Meschis MM, Gremida AME, Mogensen EH, Thøgersen IB, Bonelli S, Scilabra SD, Jensen A, Santamaria S, Ahnström J, Bou-Gharios G, Enghild JJ, Nagase H.Matrix Biol. 2022 Sep;112:190-218
Journal Paper
Quantitative Proteomics Reveals That ADAM15 Can Have Proteolytic-Independent Functions in the Steady State
Yang CY, Bonelli S, Calligaris M, Carreca AP, Müller SA, Lichtenthaler SF, Troeberg L, Scilabra SD. Membranes (Basel). 2022 May 31;12(6):578.
Journal Paper
High-Resolution Secretome Analysis of Chemical Hypoxia Treated Cells Identifies Putative Biomarkers of Chondrosarcoma
Spanò DP, Bonelli S, Calligaris M, Carreca AP, Carcione C, Zito G, Nicosia A, Rizzo S, Scilabra SD. Proteomes. 2022 Jul 20;10(3):25.
Journal Paper
Tissue Inhibitor of Metalloproteases 3 (TIMP-3): In Vivo Analysis Underpins Its Role as a Master Regulator of Ectodomain Shedding
Spanò DP, Scilabra SD. Membranes (Basel). 2022 Feb 11;12(2):211.
Journal Paper
Strategies to Target ADAM17 in Disease: From its Discovery to the iRhom Revolution
Calligaris M, Cuffaro D, Bonelli S, Spanò DP, Rossello A, Nuti E, Scilabra SD. Molecules. 2021 Feb 10;26(4):944.
Journal Paper
Interleukin 13 (IL-13)-regulated expression of the chondroprotective metalloproteinase ADAM15 is reduced in aging cartilage
Yang CY, Chanalaris A, Bonelli S, McClurg O, Hiles GL, Cates AL, Zarebska JM, Vincent TL, Day ML, Müller SA, Lichtenthaler SF, Nagase H, Scilabra SD, Troeberg L. Osteoarthr Cartil Open. 2020 Dec;2(4):100128
Journal Paper
TIMP-3 facilitates binding of target metalloproteinases to the endocytic receptor LRP-1 and promotes scavenging of MMP-1
Carreca AP, Pravatà VM, Markham M, Bonelli S, Murphy G, Nagase H, Troeberg L, Scilabra SD. Sci Rep. 2020 Jul 21;10(1):12067
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