Piattaforma di Proteomica

Descrizione

Ri.MED dispone di una piattaforma d’avanguardia per le analisi proteomiche, progettata per supportare studi di proteomica quantitativa ad alta risoluzione e applicazioni di ricerca traslazionale. La piattaforma comprende le seguenti dotazioni strumentali.

Strumentazione per analisi LC–MS/MS

• Spettrometro di massa Astral (Thermo Fisher Scientific) accoppiato a un sistema uHPLC Vanquish Neo

• Spettrometro di massa Exploris 480 (Thermo Fisher Scientific) accoppiato a un sistema uHPLC Vanquish Neo

• Spettrometro di massa Q Exactive (Thermo Fisher Scientific) accoppiato a un sistema di cromatografia liquida ad alta prestazione nanoLC (UltiMate 3000 RS)

Strumentazione per la fase preparativa

• Omogeneizzatore per campioni tissutali BeatBox (PreOmics)

• Strumentazione dedicata alle principali metodiche di processamento dei campioni proteomici, incluse digestione in-gel, SP3 e FASP

Hardware e software per l’analisi dei dati

• Due workstation dedicate e sistemi NAS per l’analisi e lo storage di grandi volumi di dati (big data)

• Software specialistici per l’analisi proteomica: Spectronaut, Proteome Discoverer, DIA-NN, Perseus e altri strumenti bioinformatici dedicati

Strumentazione per la validazione ortogonale dei dati proteomici

• Cappe e strumentazione per la coltura di cellule e tessuti

• Piattaforme per saggi ELISA e Western blotting

Attività della piattaforma

La strumentazione della piattaforma consente la separazione cromatografica dei peptidi derivanti dalla digestione proteolitica di sistemi proteici complessi, quali lisati cellulari, mezzi condizionati, tessuti e fluidi biologici. I peptidi vengono successivamente ionizzati mediante elettrospray e frammentati in ioni caratterizzati da specifici rapporti massa/carica, generando spettri di massa univoci per ciascun peptide.

Gli spettri di massa vengono analizzati mediante software di proteomica dedicati, che permettono l’identificazione delle singole proteine presenti nel campione biologico di partenza. Inoltre, la piattaforma consente analisi di proteomica quantitativa avanzata, rendendo possibile non solo l’identificazione delle proteine, ma anche la quantificazione dei livelli di espressione proteica tra differenti condizioni biologiche o sperimentali.

L’obiettivo della piattaforma di proteomica di Ri.MED è fornire analisi di proteomica quantitativa di elevata qualità a supporto della ricerca scientifica, non solo interna all’Istituto, ma anche di gruppi di ricerca nazionali e internazionali. In questo contesto, Ri.MED mira a consolidarsi come centro di riferimento per la ricerca proteomica avanzata a livello regionale, nazionale e internazionale.

Competenze

Dotazione tecnologica