Sviluppo di strumenti di previsione del target dei microRNA

Abstract

I microRNA (miRNA) sono piccoli acidi ribonucleici non codificanti (ncRNA) che svolgono un ruolo essenziale in molti  meccanismi di regolazione negli eucarioti. Di solito esercitano le loro funzioni legando gli RNA messaggeri maturi.  

La predizione dei siti di legame dei miRNA è cruciale per svelare i processi in cui sono coinvolti. Recentemente, abbiamo predetto tutti i possibili siti di legame dei miRNA  su tutte le sequenze di trascrizione annotate, e le abbiamo rese disponibili attraverso una traccia UCSC e la webapp MBS. Nella creazione del database, che è alla base del percorso MBS, sono stati utilizzati tre algoritmi consolidati di previsione del legame dei miRNA: PITA, miRanda e TargetScan, e sono state raccolte le informazioni sui siti di legame predetti da tutti loro. MBS è di grande aiuto per studiare e visualizzare, in modo intuitivo, i siti di legame dei miRNA predetti su tutti i trascritti derivanti da un gene o da una regione di interesse. 

Tuttavia, un problema irrisolto nello studio delle regioni target dei miRNA è la difficoltà di ottenere informazioni dei siti di legame validate sperimentalmente. Questo di solito viene fatto con un approccio mirato, in cui viene previsto e quindi convalidato il legame di uno specifico miRNA a una porzione specifica di un mRNA. Ad oggi, non esiste un database che raccolga in maniera accuarata le informazioni sui siti di legame dei miRNA validati sperimentalmente. Stiamo costruendo queste conoscenze con l’obiettivo di sviluppare algoritmi basati sull’apprendimento automatico per ottimizzare le previsioni dei target dei miRNA. 

Questo progetto è supervisionato dalla Dott.ssa Claudia Coronnello. 

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